可以通过各种文件系统来设置硬盘，并且每种文件系统都有优点和缺点。以下列表中包含了其中一部分文件系统的优点和缺点。
| 文件系统 | |||||
| NTFS | 苹果文件系统 (APFS) | MacOS Extended Journaled (HFS+) | exFAT | FAT32 (MS-DOS) | |
| 优点： | Windows 原生 | macOS 原生 | macOS 原生 | 可以在 Mac 与 PC 之间使用 | 可以在 Mac 与 PC 之间使用 |
| 支持日志 | 跟踪权限 | 支持日志 | 不再限制为 4GB 或更小的文件 | ||
| 跟踪权限 | 适用于 macOS 11 Big Sur 及更高版本的 Time Machine 的默认文件系统。 | 跟踪权限 | |||
| 从旧版本 macOS 10.6 到最新版本都支持。 | |||||
| 适用于 macOS 10.15 Catalina 及更早版本的 Time Machine 的默认文件系统。 | |||||
| 缺点： | Mac 操作系统上受到写保护（可以通过 NTFS 硬盘解决） | 无法安装在 Windows 电脑上 | 无法安装在 Windows 电脑上（可以通过 HFS+ 硬盘解决） | 不能看到资源和数据是否正确分叉（在 Mac 与 Windows 之间混用时有潜在风险） | 单个文件的大小限制为 4GB |
| 无法与 Time Machine 搭配使用 | macOS 旧版本不支持。macOS 10.12 或更早版本不支持 APFS。 | 与 Time Machine 一起使用时，硬盘将变为写保护（只读）。更多信息，请参见本文。 | 无法与 File History 和 Time Machine 搭配使用 | 不能看到资源和数据是否正确分叉（在 Mac 与 Windows 之间混用时有潜在风险） | |
| 与 Time Machine 一起使用时，硬盘将变为只读。 | 需要 Windows XP 的驱动程序 | 无法与 File History 和 Time Machine 搭配使用 | |||
| 不追踪文件权限 | 不追踪文件权限 | ||||
